基本定義差異
有限公司由一人以上股東組成，股東就其出資額為限對公司負責。股份有限公司則將資本分為股份，股東就其所認股份對公司負責。簡單來說，有限公司的出資單位是「出資額」，股份有限公司的出資單位是「股份」。這個基本差異衍生出兩者在治理結構和運營方式上的諸多不同。
設立條件比較
有限公司：一人以上股東即可設立，無最低資本額限制（特許業除外），設立程序相對簡單。股份有限公司：一人以上股東即可設立（2018 年修法後），同樣無最低資本額限制，但設立程序較複雜，需要製作章程、選任董事及監察人。
組織架構差異
有限公司：不設董事會，由股東選任一人以上董事執行業務，不一定需要監察人，決策機制較為靈活。股份有限公司：需設董事會（至少三名董事）及監察人（至少一名），公司治理結構較為完善嚴謹，適合較大規模的企業。非公開發行公司可設一人董事不設監察人。
股權轉讓規則
有限公司：股東出資轉讓需經其他股東過半數同意。這意味著股權流動性較低，不太適合需要頻繁募資的企業。股份有限公司：原則上股份可以自由轉讓（章程可限制），公開發行公司的股份可在證券市場交易，流動性高。
如何選擇
選擇有限公司：適合小型企業、家族企業、股東人數少且穩定、不需要對外募資的情況。優點是設立簡單、運營成本低。選擇股份有限公司：適合有融資需求、計畫上市櫃、股東人數多、需要較完善公司治理的企業。雖然運營成本較高，但發展空間更大。